Historically, Ainaro played an important role during the brutal Indonesian occupation of East Timor, providing shelter for the mountain-based guerrilla resistance army. Về mặt lịch sử, Ainaro đóng vai trò quan trọng trong thời kỳ Indonesia xâm lược Đông Timor, là nơi ẩn náu cho quân du kích địa phương.